Ngày 8/12/2009, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 230/2009/TT-BTC hướng dẫn ưu đãi về thuế đối với hoạt động bảo vệ môi trường quy định tại Nghị định số 04/2009/NĐ-CP ngày 14/01/2009 của Chính phủ về ưu đãi, hỗ trợ hoạt động bảo vệ môi trường.

Theo đó, doanh nghiệp, hợp tác xã (gọi chung là doanh nghiệp) thực hiện dự án đầu tư hoạt động bảo vệ môi trường quy định tại mục II phần A và mục II phần B của Danh mục ban hành kèm theo Nghị định số 04/2009/NĐ-CP, đáp ứng các tiêu chí cơ sở thực hiện xã hội hóa trong lĩnh vực môi trường được áp dụng thuế suất 10% trong suốt thời gian hoạt động đối với phần thu nhập của doanh nghiệp có được từ dự án đầu tư hoạt động trong lĩnh vực bảo vệ môi trường. Doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư hoạt động trong lĩnh vực bảo vệ môi trường thực hiện tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn hoặc đặc biệt khó khăn theo quy định tại Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định số 124/2008/NĐ-CP, được miễn thuế 04 năm kể từ khi có thu nhập chịu thuế và được giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo; các doanh nghiệp thành lập mới khác được miễn thuế 4 năm kể từ khi có thu nhập chịu thuế và được giảm 50% số thuế phải nộp trong 5 năm tiếp theo.

Các ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp nói trên chỉ áp dụng đối với phần thu nhập từ hoạt động bảo vệ môi trường; trường hợp doanh nghiệp có các hoạt động sản xuất, kinh doanh khác thì phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động bảo vệ môi trường để kê khai xác định đúng số thuế thu nhập doanh nghiệp được ưu đãi.

Máy móc, thiết bị, vật tư thuộc loại trong nước chưa sản xuất được mà tổ chức, cá nhân có dự án đầu tư hoạt động bảo vệ môi trường quy định tại khoản 2 Điều 2 Nghị định số 04/2009/NĐ-CP cần nhập khẩu để sử dụng trực tiếp cho hoạt động nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng. Để xác định hàng hóa thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng ở khâu nhập khẩu, người nhập khẩu phải xuất trình cho cơ quan hải quan các hồ sơ theo hướng dẫn của Bộ Tài chính về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu.

Bên cạnh đó, Thông tư cũng hướng dẫn về chi phí thực hiện hoạt động quảng bá sản phẩm từ hoạt động bảo vệ môi trường, chi phí xây dựng các bộ phim, phóng sự khoa học về bảo vệ môi trường... của doanh nghiệp, hợp tác xã có dự án đầu tư hoạt động bảo vệ môi trường được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp theo mức chi thực tế nếu đáp ứng điều kiện về hoá đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật.

Thông tư này có hiệu lực thi hành sau 45 ngày kể từ ngày ký.